本中心的依托单位南京中医药大学始建于1954年，是全国建校最早的高等中医药院校之一，是江苏省重点建设高校，是江苏省人民政府与国家中医药管理局共建高校，也是国家中药现代化科技产业基地建设优秀单位、江苏省产学研基地。学校于2017年入围国家“双一流”建设高校和江苏高水平大学建设高校，2018年成为教育部和江苏省共建“双一流”建设高校。学校为新中国高等中医药教育培养输送了第一批师资，编撰、制订了第一套教材和教学大纲，为新中国高等中医药教育模式的确立和推广做出了开创性贡献，被誉为中国“高等中医教育的摇篮”。学校现有国家重点学科3个，国家重点（培育）学科2个，江苏高校优势学科4个，江苏省品牌专业3个，江苏省重点学科10个，国家中医药管理局中医药重点学科33个。学校是全国首批博士学位、硕士学位授予单位，有中医学、中药学、中西医结合、护理学4个一级学科及中医1个专业学位博士学位授权点， 11个一级学科硕士学位及5个专业硕士学位授权点，3个博士后科研流动站。在全国第四轮学科评估中，中医学、中药学、中西医结合三个主干学科均进入A类。临床医学、药理学与毒理学2个学科进入ESI全球排名前1%，2019中国大陆高校ESI机构排名位列第128位，2017年入围 U.S.News 世界大学排行榜，2018年上榜自然指数国内高校TOP200，入围美国 Scimago 中国大学“学术”排名前128强，入围“双一流”建设高校本科教育质量百优榜，艾瑞深校友会2019年中国大学一流专业排名100强。